Pada awalnya Nagari Koto Baru ini adalah daerah tempatan ( Daerah pesinggahan ). Dilihat dari suku Katanya  “ Koto “  =  Daerah, “ Baru “  = Baru. Jadi Koto Baru artinya daerah baru dan dibuktikan dengan adat dan budaya dari suku masyarakat Koto Baru yang ada sekarang. Masing- masing suku mempunyai asal-asalusul kedatangan yang berbeda-beda atau yang dinamai dengan Balahan.  Tiap suku ada yang mempunyai balahan ke Gadut Tilatang Kamang, ke Simarasok, ke Ampek Angkek, Koto tinggi, Padang Tarok dan lain-lain. Bahkan satu suku pun balahannya pun berbeda-beda. Itu sebabnya satu suku boleh kawin mengawini asal jangan satu payung atau satu ninik Mamak.

Suku yang ada di Koto Baru ada enam suku, maka balai adatnya dinakan Balai Adat VI Suku. Tapi salah satu suku sekarang telah punah tidak ada keturunan yaitu suku caniago. Jadi tinggal sekarang 5 Suku yakni Suku Koto, Jambak, Sikumbang, Pili dan Tanjung.

Pada tahun 1908 terkenal dengan sejarah perang kamang Koto Baru dipimpin oleh seorang Angku Palo yang bernama :” Angku Palo Bolak suku Jambak “, sedangkan Salo dipinpin oleh seorang Lareh karena waktu itu Salo adalah Klarasan yang dipinpin oleh seorang Mantri Tani dari Jawa yang bernama Sumarno.

Pada tahun 1918 antara Nagari Koto Baru dan Nagari Salo terdapat suatu kesepakatan untuk bersatu dalam satu Pemerintahan yang diberi nama Nagari Bungo Koto Tuo,ditunjuk pejabat sementara Bapak DT. TUO.

Pada Tahun 1920, dilaksanakan Pemilihan kepemimpinan Pemerintahan. Dari hasil Pemiilihan tersebut terpilihlah seorang Angku Palo I  yaitu “ Bapak Amin Dt. Sati “  Masa Jabatan Angku Palo I yaitu dari tahun 1920 s/d 1928.

Tahun 1928 dilaksanakan pemilihan angku Palo ke II dengan hasil terpilihnya Bapak Dt. Mangkudun yang terkenal dengan nama Inyiak Palo Buuak. Masa Pemerintahan Beliau sampai tahun 1945.

Setelah itu, keluarlah  Peraturan tentang perubahan sistim Pemerintahan dari Nagari menjadi Desa. Sehubungan dengan itu, maka Nagari Bungo Koto Tuo dipecah menjadi Desa Koto Baru dan Desa Salo. Kepala Pemerintahan dipimpin oleh seorang Kepala Desa. Pemerintahan Desa berlangsung dari tahun 1982 s/d 2001.

Pada akhir tahun 2001, keluarlah Peraturan Daerah Propinsi Sumatera Barat nomor 9 tahun 2001 tentang Pemerintahan Nagari, yang diperkuat dengan Perda Kabupaten Agam Nomor 31 Tahun 2001, maka Desa Koto Baru  dan Desa Salo bergabung lagi menjadi Nagari Bungo Koto Tuo. Dimasa ini terpilih H. Djasmi Hasman Dt. Mangkudun sebagai Wali Nagari Bungo Koto Tuo I. Dimasa Pemerintahan beliau timbul aspirasi dari masyarakat Jorong Salo untuk mekar dari Nagari Bungo Koto Tuo karena antara Jorong Koto Baru dan Salo terdapat perbedaan Adat dan Budaya. Dengan disetujuinya oleh DPRD Kabupaten Agam maka pada tahun 2006 dengan keluarnya Peraturan Daerah Kabupaten Agam nomor 10 tahun 2006 tentang Pembentukan Nagari KotoBaru dan Nagari Salo, maka terjadi pemekaran Nagari menjadi Nagari Koto Baru dan Nagari Salo. Sedangkan nama Nagari Bungo Koto Tuo hilang dengan sendirinya. Wali Nagari Bungo Koto Tuo (H. Djasmi Hasman Dt.Mangkdun) tetap melanjutkan pemerintahannya sampai akhir masa Jabatan di Nagari Koto Baru dan Di Nagari Salo ditunjuk seorang Pejabat Sementara bapak Anwar St.Kayo untuk meminpin Pemerintahan Nagari Salo.

Dimasa Pemerintahan Nagari Koto Baru, timbul aspirasi Masyarakat Nagari tentang perubahan nama Nagari. Karena nama Koto Baru ini daerahnya banyak, maka untuk Nagari Koto Baru karena terdiri dari 3 Jorong, maka sepakat menukar nama nagari menjadi ” Nagari Koto Baru III Jorong ”.  Perubahan nama tersebut telah diajukan kembali ke Pemerintah Daerah Kabupaten Agam dengan tembusan ke DPRD Kabupaten Agam.

Sehubungan belum adanya pengesahan dari Kabupaten Agam sampai saat ini tentang nama Nagari Koto Baru III Jorong, pada tahun 2014 nama Nagari Koto Baru III Jorong di kembalikan lagi menjadi Nagari Koto Baru, sesuai dengan Perda Kabupaten Agam No.10 Tahun 2006.

NAMA-NAMA PEMIMPIN NAGARI KOTO BARU/ NAGARI BUNGO KOTO TUO

Pada tahun 2018 Bapak Zuhdi,S.Sos mengundurkan diri dari Jabatannya, karena mencalonkan diri sebagai Calon Anggota Legislatif Dewan Perwakilan Rakyat Daerah Kabupaten Agam Tahun 2019 sampai dengan 2024, kemudian untuk melanjutkan masa jabatan Walinagari ditunjuk dari Kecamatan Penjabat Walinagari Bapak Zul Endri,SH selama 6 Bulan. Setelah 6 Bulan  untuk melanjutkan masa jabatan Walinagari Koto Baru Kecamatan Baso Periode 2014 – 2020 telah dilaksanakan pemilihan Walinagari Antar Waktu dalam Musyawarah Nagari yang terpilih Bapak Ir.Erman berdasarkan Keputusan Bupati Agam Nomor 135 Tahun 2019 tentang Pemberhentian Penjabat Walinagari dan Pengesahan Pengangkatan Walinagari Koto Baru Antar Waktu Kecamatan Baso Periode 2014 sampai dengan 2020 melanjutkan sisa jabatan Walinagari . Selanjutnya pada tanggal 30 April 2020 untuk kepemimpinan Walinagari ditunjuk kembali Penjabat Walinagari Bapak Zul Endri,SH Jabatan Pj. Kasubag Umum dan Kepegawaian pada Kantor Camat  Baso berdasarkan Keputusan Bupati Agam Nomor 187 Tahun 2020 sampai dilantiknya Walinagari defenitif atau paling lama 6 (enam) bulan.